南京海員訓練班到南京海運學校（1951.1-1990.4）
1949年9月，原國民黨招商局“海遼”號等18艘海輪相繼起義；
1950年12月，中央人民政府交通部和中國海員總工會決定創辦南京海員訓練班，騰出南京白下路復興巷內斛斗巷19號，把原國民政府新建還未完工的立法院立法委員宿舍，作為創辦訓練班的校址。
1951年1月，南京海員訓練班正式開學，成為新中國最早的海員學校。中央政府為發展新中國航海事業，成立了新中國第一所船員培養專門學校——南京海員訓練班，初期學員為700多名起義船員，“重慶”艦起義官兵擔任教員。
1953年1月，海員培訓班改建為中國海員干部學校。
1955年，交通部決定在海員干部學校的基礎上籌辦海員專業技術學校，改名為南京初級航海學校。
1957年9月，經交通部海運總局與勞動部研究確定，學校為技工性質，培養目標為普通船員，改名為南京海運工人技術學校，劃歸交通部上海海運局領導。
1960年1月，交通部決定將學校改為中專，命名為交通部上海海運管理局南京海運學校。
1964年8月，隨著我國遠洋運輸船隊的建立與發展，航運企業對遠洋船員的迫切需求，經交通部決定，學校劃歸交通部遠洋運輸局領導，改名為南京遠洋技工學校。
1965年9月，又改名為南京遠洋海員學校，成為遠洋運輸局第一所直屬學校。
1973年3月，鑒于遠洋運輸事業的迅速發展，國家急需培養大量船員，交通部下達了《關于恢復南京遠洋海員學校的通知》，學校改名南京海員學校。
1990年4月，交通部批準“南京海員學校”恢復原“南京海運學校”校名。
南京河運工人技術學校到南京航運學校（1956.2-1992）
1956年2月，依照中央交通部河運總局指示，按照海運、河運人才培養計劃，在南京下關唐山路126號，籌建一所以培養內河輪駁駕駛方面的初級技術人才為目標的新學校——南京河運技工學校。
1958年4月，長江航務管理局決定武漢技校和南京技校合并，學校由中技升格為中專。此為學校第一次的并校。
1959年2月，長江航務管理局通知改校名為“長江航運管理局南京航運學校”。
1959年5月，長江航務管理局確定校名更換為“南京長江航運學校”。
1961年下半年，金陵船廠技校并入本校，此為學校第二次并校。
1962年10月，停辦中專工作結束后，學?；謴蛦我坏募脊W校，根據交通部和長江航務管理局的指示，校名改為“南京長江航運技工學?！?/span>。
1965年11月，學校復改名為“南京河運學?！?/span>。
1965年11月-1972年3月,受文革動亂的影響，南京河運學校的招生和辦學一度處于停滯狀態。
1972年3月，上海分公司根據交通部的指示，正式下達恢復招生任務，南京河運學校開始復校。
1977年起，全國高等學校和中等專業學?；謴腿雽W考試制度。學校于“文革”后，首批經過統考錄取新生315名。
1978年至1985年，除歷年短訓班根據委托單位需要，專業不固定外，學校專業基本穩定。
1979年4月27日，長航局以長航教（79）字第413號文通知，明確學校為“中專”。與金陵船廠分校分開，獨立辦校。
1980年3月，長江航務管理局以長航教（80）332號文決定學校由長江航務管理局直接領導。
1980年，接受南京市教育局所屬“南京市走讀中專學校”委托，代辦走讀中專工業企業電氣設備專業二個班。
1992年，南京河運學?；謴驮?/span>“南京航運學校”校名。
聯合辦學階段（2003.7- ）
2003年7月，經江蘇省人民政府批準南京海運學校和南京航運學校合，并組建成江蘇海事職業技術學院。
